Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LDB3O75112 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LDB3O75112 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
LDB3O75112 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDB3O75112 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LDB3O75112 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LDB3O75112 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LDB3O75112 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LDB3O75112 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDB3O75112 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDB3O75112 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDB3O75112 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDB3O75112 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDB3O75112 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LDB3O75112 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LDB3O75112 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDB3O75112 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDB3O75112 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDB3O75112 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDB3O75112 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LDB3O75112 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDB3O75112 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDB3O75112 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDB3O75112 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDB3O75112 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDB3O75112 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LDB3O75112 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LDB3O75112 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDB3O75112 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDB3O75112 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDB3O75112 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDB3O75112 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LDB3O75112 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LDB3O75112 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LDB3O75112 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDB3O75112 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDB3O75112 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDB3O75112 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDB3O75112 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDB3O75112 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LDB3O75112 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDB3O75112 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDB3O75112 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDB3O75112 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDB3O75112 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDB3O75112 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LDB3O75112 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDB3O75112 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDB3O75112 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDB3O75112 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDB3O75112 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDB3O75112 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LDB3O75112 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LDB3O75112 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDB3O75112 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDB3O75112 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDB3O75112 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LDB3O75112 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LDB3O75112 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDB3O75112 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDB3O75112 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDB3O75112 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LDB3O75112 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LDB3O75112 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LDB3O75112 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 203.3 ms