Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
ZNF541Q9H0D2 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ZNF541Q9H0D2 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms