Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.1
HOXA4Q00056 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HOXA4Q00056 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms