Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67 ms