Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms