Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
SDC1P18827 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
SDC1P18827 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
SDC1P18827 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
SDC1P18827 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
SDC1P18827 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms