Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMCH1Q9UPQ0 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms