Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
KLHL28Q9NXS3 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83 ms