Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SYNE3Q6ZMZ3 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms