Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
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TCOF1Q13428 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
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TCOF1Q13428 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
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TCOF1Q13428 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TCOF1Q13428 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
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