Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
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