Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HOXC9P31274 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.8 ms