Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms