Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms