Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms