Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS39Q96JC1 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms