Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
PDLIM3Q53GG5 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms