Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
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TCOF1Q13428 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
TCOF1Q13428 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
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TCOF1Q13428 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TCOF1Q13428 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
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