Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIG1P18858 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIG1P18858 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG1P18858 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG1P18858 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG1P18858 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms