Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms