Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
KLHL28Q9NXS3 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.6 ms