Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP4AQ9BY43 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms