Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
HOXD3P31249 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms