Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
BRPF3Q9ULD4 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms