Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms