Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms