Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms