Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms