Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG3P49916 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG3P49916 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG3P49916 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG3P49916 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG3P49916 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms