Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms