Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms