Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
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