Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms