Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SKA3Q8IX90 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms