Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
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