Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXC9P31274 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms