Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SMARCA1P28370 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCA1P28370 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms