Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP3Q9Y3E7 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms