Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms