Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC43Q96MW1 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms