Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC54Q8NEL0 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms