Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms