Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HIF3AQ9Y2N7 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HIF3AQ9Y2N7 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HIF3AQ9Y2N7 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms