Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
LIMCH1Q9UPQ0 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.32
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
LIMCH1Q9UPQ0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms