Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BEST3Q8N1M1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BEST3Q8N1M1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
BEST3Q8N1M1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
BEST3Q8N1M1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
BEST3Q8N1M1 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms