Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
UBE3DQ7Z6J8 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
UBE3DQ7Z6J8 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
UBE3DQ7Z6J8 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
UBE3DQ7Z6J8 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms