Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP49Q70CQ1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP49Q70CQ1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP49Q70CQ1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
USP49Q70CQ1 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
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