RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550358.5

PTPRB-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, human

TSL 2 BASIC

Gene PTPRB, Length 6,583 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRB-208	ENST00000550358	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRB-208	ENST00000550358	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRB-208	ENST00000550358	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
PTPRB-208	ENST00000550358	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRB-208	ENST00000550358	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRB-208	ENST00000550358	APLP2	Q06481	763 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRB-208	ENST00000550358	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRB-208	ENST00000550358	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	13.04	□□□□□ -0.32
PTPRB-208	ENST00000550358	TRIM41	Q8WV44	630 aa		12.94	□□□□□ -0.34
PTPRB-208	ENST00000550358	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRB-208	ENST00000550358	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	12.76	□□□□□ -0.37
PTPRB-208	ENST00000550358	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	12.73	□□□□□ -0.37
PTPRB-208	ENST00000550358	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	12.73	□□□□□ -0.37
PTPRB-208	ENST00000550358	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		12.73	□□□□□ -0.37
PTPRB-208	ENST00000550358	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	12.62	□□□□□ -0.39
PTPRB-208	ENST00000550358	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		12.57	□□□□□ -0.4
PTPRB-208	ENST00000550358	NEFL	P07196	543 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRB-208	ENST00000550358	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRB-208	ENST00000550358	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRB-208	ENST00000550358	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	12.46	□□□□□ -0.41
PTPRB-208	ENST00000550358	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	12.44	□□□□□ -0.42
PTPRB-208	ENST00000550358	ABCC9	O60706	1549 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRB-208	ENST00000550358	MYT1	Q01538	1121 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PTPRB-208	ENST00000550358	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
PTPRB-208	ENST00000550358	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
PTPRB-208	ENST00000550358	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		12.3	□□□□□ -0.44
PTPRB-208	ENST00000550358	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		12.26	□□□□□ -0.45
PTPRB-208	ENST00000550358	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		12.25	□□□□□ -0.45
PTPRB-208	ENST00000550358	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		12.18	□□□□□ -0.46
PTPRB-208	ENST00000550358	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	12.16	□□□□□ -0.46
PTPRB-208	ENST00000550358	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	12.11	□□□□□ -0.47
PTPRB-208	ENST00000550358	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	12.09	□□□□□ -0.47
PTPRB-208	ENST00000550358	HRC	P23327	699 aa		12.08	□□□□□ -0.48
PTPRB-208	ENST00000550358	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		12.07	□□□□□ -0.48
PTPRB-208	ENST00000550358	ITGAE	P38570	1179 aa		12.06	□□□□□ -0.48
PTPRB-208	ENST00000550358	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	12.04	□□□□□ -0.48
PTPRB-208	ENST00000550358	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	12.03	□□□□□ -0.48
PTPRB-208	ENST00000550358	SCRIB	Q14160	1630 aa		12.01	□□□□□ -0.49
PTPRB-208	ENST00000550358	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	12.01	□□□□□ -0.49
PTPRB-208	ENST00000550358	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	12	□□□□□ -0.49
PTPRB-208	ENST00000550358	NACAD	O15069	1562 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRB-208	ENST00000550358	TRIM52	Q96A61	297 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRB-208	ENST00000550358	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRB-208	ENST00000550358	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRB-208	ENST00000550358	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRB-208	ENST00000550358	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRB-208	ENST00000550358	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
PTPRB-208	ENST00000550358	EEA1	Q15075	1411 aa		11.87	□□□□□ -0.51
PTPRB-208	ENST00000550358	ANP32C	O43423	234 aa		11.85	□□□□□ -0.51
PTPRB-208	ENST00000550358	NEFM	P07197	916 aa		11.85	□□□□□ -0.51
PTPRB-208	ENST00000550358	FBLN2	P98095	1184 aa		11.83	□□□□□ -0.52
PTPRB-208	ENST00000550358	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	11.82	□□□□□ -0.52
PTPRB-208	ENST00000550358	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		11.81	□□□□□ -0.52
PTPRB-208	ENST00000550358	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	11.81	□□□□□ -0.52
PTPRB-208	ENST00000550358	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	11.81	□□□□□ -0.52
PTPRB-208	ENST00000550358	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.8	□□□□□ -0.52
PTPRB-208	ENST00000550358	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRB-208	ENST00000550358	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PTPRB-208	ENST00000550358	NEUROD1	Q13562	356 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRB-208	ENST00000550358	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRB-208	ENST00000550358	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	11.67	□□□□□ -0.54
PTPRB-208	ENST00000550358	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
PTPRB-208	ENST00000550358	TONSL	Q96HA7	1378 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PTPRB-208	ENST00000550358	GOLGA3	Q08378	1498 aa		11.65	□□□□□ -0.54
PTPRB-208	ENST00000550358	BCAN	Q96GW7	911 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	TSPY4	P0CV99	314 aa		11.6	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	TSPY10	P0CW01	314 aa		11.6	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	11.59	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	KIF27	Q86VH2	1401 aa		11.59	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		11.59	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		11.59	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	P3H3	Q8IVL6	736 aa		11.58	□□□□□ -0.55
PTPRB-208	ENST00000550358	CLIP1	P30622	1438 aa		11.57	□□□□□ -0.56
PTPRB-208	ENST00000550358	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		11.56	□□□□□ -0.56
PTPRB-208	ENST00000550358	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	11.55	□□□□□ -0.56
PTPRB-208	ENST00000550358	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	11.54	□□□□□ -0.56
PTPRB-208	ENST00000550358	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	11.52	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	SMARCA2	P51531	1590 aa		11.51	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	SLC24A1	O60721	1099 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	11.47	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		11.47	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	CDCA8	Q53HL2	280 aa		11.47	□□□□□ -0.57
PTPRB-208	ENST00000550358	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	ERCC6	Q03468	1493 aa		11.46	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	11.44	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	ARID3C	A6NKF2	412 aa		11.42	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	CEP162	Q5TB80	1403 aa		11.41	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	11.4	□□□□□ -0.58
PTPRB-208	ENST00000550358	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		11.39	□□□□□ -0.59
PTPRB-208	ENST00000550358	ANP32B	Q92688	251 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
PTPRB-208	ENST00000550358	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	11.36	□□□□□ -0.59
PTPRB-208	ENST00000550358	TMC1	Q8TDI8	760 aa		11.35	□□□□□ -0.59
PTPRB-208	ENST00000550358	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		11.34	□□□□□ -0.59
PTPRB-208	ENST00000550358	KANK1	Q14678	1352 aa		11.34	□□□□□ -0.59

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