RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	29.87	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	29.87	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		29.87	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	29.84	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		29.84	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		29.83	■■■□□ 2.37
NME3-210	ENST00000567271	ABCC6	O95255	1503 aa		29.82	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	FBLN1	P23142	703 aa		29.81	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	USP35	Q9P2H5	1018 aa		29.8	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	CCDC7	Q96M83	1385 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	LTN1	O94822	1766 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	CRB1	P82279	1406 aa		29.79	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		29.78	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	RGPD5	Q99666	1765 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		29.77	■■■□□ 2.36
NME3-210	ENST00000567271	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	IP6K1	Q92551	441 aa		29.76	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	29.76	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271		A0A0G2JS52	829 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	MYT1	Q01538	1121 aa		29.75	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		29.74	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	29.73	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		29.72	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	ERBB3	P21860	1342 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	HOXC9	P31274	260 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	AMPH	P49418	695 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		29.71	■■■□□ 2.35
NME3-210	ENST00000567271	NSD2	O96028	1365 aa		29.68	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	RTL1	A6NKG5	1358 aa		29.67	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	29.67	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	29.66	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		29.65	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	29.64	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		29.64	■■■□□ 2.34
NME3-210	ENST00000567271	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		29.64	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	29.63	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		29.63	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	EP400	Q96L91	3159 aa		29.62	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	FLT4	P35916	1363 aa		29.61	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	29.6	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		29.6	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	MORC1	Q86VD1	984 aa		29.6	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	29.6	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	PEAK1	Q9H792	1746 aa		29.59	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	POLK	Q9UBT6	870 aa		29.59	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	INSR	P06213	1382 aa		29.59	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	PDE3B	Q13370	1112 aa		29.58	■■■□□ 2.33
NME3-210	ENST00000567271	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	29.57	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	DISP2	A7MBM2	1401 aa		29.57	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	29.56	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	FAM182B	Q5T319	152 aa		29.56	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	29.56	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	29.54	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	DDB1	Q16531	1140 aa		29.54	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	CCDC125	Q86Z20	511 aa		29.54	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		29.54	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	29.53	■■■□□ 2.32
NME3-210	ENST00000567271	IL2RB	P14784	551 aa		29.51	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	29.51	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		29.51	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	NBPF4	Q96M43	638 aa		29.51	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		29.51	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	LRRC37A3	O60309	1634 aa		29.5	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	EXOC5	O00471	708 aa		29.49	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		29.49	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		29.47	■■■□□ 2.31
NME3-210	ENST00000567271	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		29.44	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	29.44	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	TNS2	Q63HR2	1409 aa		29.43	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		29.41	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	29.41	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	29.41	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	29.4	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	EYA1	Q99502	592 aa		29.39	■■■□□ 2.3
NME3-210	ENST00000567271	TRIM37	O94972	964 aa		29.38	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	MEGF6	O75095	1541 aa		29.37	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	MTHFS	P49914	203 aa		29.36	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		29.36	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	BCL9	O00512	1426 aa		29.36	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	NCAPD2	Q15021	1401 aa		29.36	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		29.34	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	29.34	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		29.34	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	29.33	■■■□□ 2.29
NME3-210	ENST00000567271	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	29.31	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	BAG6	P46379	1132 aa		29.3	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	29.3	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	29.29	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		29.29	■■■□□ 2.28
NME3-210	ENST00000567271	IL13	P35225	146 aa		29.28	■■■□□ 2.28

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