RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557076.5

SCFD1-223, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 3

Gene SCFD1, Length 743 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-223	ENST00000557076	PRR31	Q5SQ13	230 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	MROH9	Q5TGP6	573 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	DHRS13	Q6UX07	377 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	MAEA	Q7L5Y9	396 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NEK8	Q86SG6	692 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ZNF513	Q8N8E2	541 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CADM4	Q8NFZ8	388 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SPATA18	Q8TC71	538 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PIGO	Q8TEQ8	1089 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	LCOR	Q96JN0	433 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC22A12	Q96S37	553 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TSPAN18	Q96SJ8	248 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SEPT5	Q99719	369 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SSBP3	Q9BWW4	388 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ZCWPW1	Q9H0M4	648 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CD248	Q9HCU0	757 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ANKMY1	Q9P2S6	941 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	UXT	Q9UBK9	157 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	EMC9	Q9Y3B6	208 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	WNT6	Q9Y6F9	365 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PTPRB	P23467	1997 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	RELN	P78509	3460 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NBAS	A2RRP1	2371 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076		A0A087WWV3	80 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TRAV19	A0A0A6YYK7	116 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076		A0A1W2PQF6	199 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TBC1D3B	A6NDS4	549 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ENO4	A6NNW6	628 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PALM2-AKAP2	B1ALY0	433 aa	Predicted RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	C22orf46	C9J442	243 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PYCARD-AS1	I3L0S3	204 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC9A3R1	O14745	358 aa	Predicted RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	THBD	P07204	575 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	HDC	P19113	662 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PROZ	P22891	400 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NTSR1	P30989	418 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ACTN2	P35609	894 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	HNF1B	P35680	557 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	OSTN	P61366	133 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	BNC1	Q01954	994 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TARDBP	Q13148	414 aa	Known RBP eCLIP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	LY6D	Q14210	128 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	DHCR24	Q15392	516 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PPP2R5E	Q16537	467 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC39A12	Q504Y0	691 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	MBLAC2	Q68D91	279 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	RHBDF2	Q6PJF5	856 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	VHLL	Q6RSH7	139 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	DSTYK	Q6XUX3	929 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	MILR1	Q7Z6M3	343 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	LRRTM3	Q86VH5	581 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SFTPA1	Q8IWL2	248 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC16A11	Q8NCK7	471 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	BVES	Q8NE79	360 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SH3RF2	Q8TEC5	729 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	KISS1R	Q969F8	398 aa	Predicted RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	IFT74	Q96LB3	600 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SENP8	Q96LD8	212 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CDK5RAP1	Q96SZ6	601 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NTPCR	Q9BSD7	190 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TCHP	Q9BT92	498 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CDT1	Q9H211	546 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	GCNT4	Q9P109	453 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CALCOCO1	Q9P1Z2	691 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	DSE	Q9UL01	958 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ARHGAP26	Q9UNA1	814 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	WDR3	Q9UNX4	943 aa	Known RBP eCLIP	5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NBPF19	A0A087WUL8	3843 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	POLQ	O75417	2590 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ITPR2	Q14571	2701 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	STK36	Q9NRP7	1315 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PDCD11	Q14690	1871 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	TTC26	A0AVF1	554 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	DDX3X	O00571	662 aa	Known RBP eCLIP	5.03	□□□□□ -1.6	1e-13	■■■■□ 23.8
SCFD1-223	ENST00000557076	SCAMP3	O14828	347 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	DFNA5	O60443	496 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CYP7B1	O75881	506 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	NOL4	O94818	638 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ADRB2	P07550	413 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CLTA	P09496	248 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ODC1	P11926	461 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CD6	P30203	668 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CCR10	P46092	362 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CSNK1E	P49674	416 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	PDE6C	P51160	858 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	EVC	P57679	992 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	RPL11	P62913	178 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	ZXDB	P98169	803 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SCFD1-223	ENST00000557076	CCDC173	Q0VFZ6	552 aa		5.03	□□□□□ -1.6

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.3 ms